Este órgão foi criado após o falecimento do Senhor Padre Manuel. Foi assumido pelo Sr. Padre Pedro Miguel Ferreira Viva.
O Conselheiro Espiritual foi nomeado pelo bispo diocesano sob escolha e proposta do Conselho Executivo.
É sua missão principal, ser educador da fé, formador e animador espiritual dos membros e dos órgãos dirigentes da Fundação; ser expressão e garantia dos vínculos de comunhão com a Igreja e o bispo da diocese.
(Cfr artigo 15º dos estatutos da FMME)